تنجم أمراض المناعة الذاتية عن تداخل عدة عوامل واجتماعها، سوية، لدى الإنسان المريض من هذه العوامل الميل الوراثي, ضعف/ خلل معين في الجهاز المناعي, منظومة هرمونية، وخاصة الهرمونات الجنسية لدى النساء، وأخيرا العوامل البيئية هذه الأخيرة تشمل الأدوية, المواد الكيماوية, الفيروسات, الجراثيم, التغذية والتوتر النفسي هذه العوامل البيئية هي التي تحدد سبب ظهور المرض في اليوم المعين ولدى الشخص المعين
تميل أمراض المناعة الذاتية إلى الظهور لدى عائلات معينة, إذ ثمة حالات كثيرة يمكن فيها ملاحظة ظهور أمراض مناعة ذاتية مختلفة لدى أبناء عائلة